En las primeras visitas de control se hace hincapié en la tolerancia al tratamiento, la mejoría en los síntomas de la enfermedad y la aparición de posibles síntomas de toxicidad de los TKI. Se realiza una exploración física, para comprobar la reducción del tamaño del bazo y análisis de sangre cada dos semanas, hasta la normalización de las cifras de células sanguíneas.

Una vez conseguido el control hematológico de la LMC, se realiza una segunda punción de médula ósea entre los tres y seis meses del inicio de la terapia, para comprobar la respuesta al tratamiento, y que conoceremos por la proporción de células con cromosoma Ph, que va disminuyendo. Esta prueba debe repetirse cada seis meses hasta la respuesta citogenética completa. Una vez que se ha alcanzado la respuesta citogenética completa, el seguimiento puede hacerse por análisis de sangre, salvo que aparezcan signos de progresión de la LMC o de otras complicaciones que requieran un nuevo estudio de médula ósea.

Si con imatinib no se obtiene una respuesta idónea en los tiempos de tratamiento establecido, normalmente una respuesta hematológica a los tres meses, una respuesta genética de calidad a los seis y doce meses y una respuesta molecular mayor posteriormente, hay que investigar por qué la medicación está fallando. Puede deberse a un problema de toma, absorción o metabolización del medicamento y una mutación en la leucemia que haya provocado la resistencia a imatinib. En este caso hay que utilizar otro TKI que sea eficaz o un tratamiento alternativo. La resistencia a los TKI se puede deber a mutaciones en distintos puntos del gen BCR-ABL o a otras alteraciones cromosómicas.