Existen una serie de factores relacionados con el receptor o con el donante que nos permiten calcular el riesgo de complicaciones del trasplante en un paciente determinado. El trasplante alogénico no se recomienda como primera opción en la LMC en fase crónica, dado que las respuestas al tratamiento con los TKI son muy elevadas y suelen ser duraderas. Una vez el paciente ha recibido tratamiento con un TKI y no ha funcionado bien, lo recomendable es utilizar otro de los TKI de segunda generación aunque puede considerarse el trasplante alogénico como tratamiento de segunda línea en pacientes con un riesgo relativamente bajo para el procedimiento, en general, en pacientes jóvenes con un donante adecuado, especialmente si éste es un hermano.

En el resto, es decir, en aquellos pacientes que no son tan jóvenes pero que por su edad aún se podrían someterse a un trasplante, la recomendación es administrar un segundo e incluso un tercer TKI, si la respuesta a éstos no es favorable, es cuando se puede plantear la realización de un trasplante alogénico. En la fase acelerada y sobre todo en la fase blástica, el trasplante se suele plantear una vez conseguida la respuesta a TKI o quimioterapia, y está en estudio la indicación de los TKI como mantenimiento tras el trasplante. Los pacientes con LMC y una edad superior a los sesenta y cinco años rara vez se consideran candidatos a un trasplante alogénico.