Para observar la evolución de la enfermedad a nivel molecular, esto es, para ver si va disminuyendo o incluso llega a desaparecer el oncogén BCR-ABL, debe realizarse un estudio molecular de la sangre una vez que ya ha desaparecido el cromosoma Ph en el análisis de los cromosomas. Estos estudios están indicados tanto si el paciente ha sido trasplantado como si es tratado con medicamentos, imatinib u otros TKI habitualmente. Estos estudios moleculares se realizan inicialmente cada tres meses, y cada seis o doce meses una vez que se ha obtenido la respuesta molecular completa, con la desaparición del BCR-ABL en dos análisis sucesivos.